Otoka je prastaro mjesto. Leži na staroj rimskoj cesti koja je spajala Jadransko more sa Podunavljem, od Salone do Siscie. Ruševina prastarih zgrada ima na više mjesta u okolici Otoke,posebno na Malkića Otoci, u Ivanjskoj i Ljusini.

Tragovi rimskih naselja pronađeni su na području Malkića Otoke, nizvodno od Otoke. U podnožju kose Rajinovače u Ivanjskoj nedaleko od Otoke iskopani su grobovi rimskih vojnika. Uz ljudske kosti u grobnicama je nađen i rimski novac, jedna sablja i drugi predmeti iz rimskog doba.

Rimsko doba

U periodu rimske vlasti područje srednjeg Pounja pa samim tim i Otoka pripadalo je rimskoj provinciji Dalmaciji. kada je 395.godine došlo do podjele rimskog carstva na Zapadno i Istočno,Pounje je ušlo u sastav Zapadnog rimskog carstva. Iz tog perioda Otoka se kao naseobina spominje prvi put pod imenom “Insula” što na latinskom jeziku ima značenje naseobine, građevine.

Iz vremena propadanja Rimskog carstva i velike seobe naroda ne postoje skoro nikakvi podaci o zbivanjima na prostoru srednjeg Pounja. Poznato je samo da su u 5,6 i 7. stojeću u pounske krajeve prodrli Goti, a potom i Avari sa kojima je doselilo Slavensko stanovništvo.

U srednjem vijeku područje na kojem se nalazi Otoka ulazi u sastav Hrvatske kraljevine i Hrvatsko-Ugarske države. U 10. stoljeću pripadalo je hrvatskoj župi zvanoj “Pset”.

Srednji vijek

U srednjem vijeku područje na kojem se nalazi Otoka ulazi u sastav Hrvatske kraljevine i Hrvatsko-Ugarske države. U 10. stoljeću pripadalo je hrvatskoj župi zvanoj “Pset”.

Pod imenom Otok, nastalo naselje prvi put se spominje 1264. godine u dokumentu Mihajla, Župana Sanskog. Od tada Otoku pod svojom vlašću drže kneževi Babonići-Blagajski.

Knez Pavle Blagajski 1370. godine darovao je Otoku svom bratu Dioniziju. Spominje se da je godine 1389. u Otoci boravio knez Stjepan Blagajski, koji je iz tog grada napado kneževe Zrinjske, služeći se bosanskim četama. Otoka je 1418. godine formalno postala kraljevski grad, ali su kneževi babonići-Blagajski i dalje bili njeni stvarni gospodari. U 15. i 16. stoljeću rado su u Otoci boravili kneževi Blagajski koji su u njoj imali svoje kaštelane o odakle su branili svoja imanja. Ponajviše je u Otoci boravio knez Grgur Blagajski kojeg je tu posjetio i Mletački poslanik 1505. godine.

U to vrijeme na Otočkom području živjelo je relativno gusto naseljeno hrvatsko katoličko stanovništvo.

Kod Ivanjske je postojala zidina zvana “Kloštar” ostatak starog franjevačkog manastira Otočkog. Pomenuti manastir bio je jako ugledan i jedan od najvećih od 29 postojećih manastira u hrvatskoj kustodiji cetinskoj. U Otoci su održane i skupštine (kapituli) reda franjevačkog i to 1532., 1533. i 1559. godine. Na skupštini koja je održana 1562. godine u manastiru sv. Lenarda kod Samobora provincijalom franjevačkim je izabran Franjo od Otoka.

Na području na kojem se sad nalazi grad Otoka, u srednjem vijeku je egzistirala stara tvrđava koja je bila izgrađena na adi na rijeci Uni.Od te tvrđeve koja je bila sagrađena dijelom od kamena, a dijelom od drveta ostalo je samo nešto zida na gradskoj otoci.

Period Turske vladavine

Poslije pada bosanske srednjovjekovne države 1463. godine počeli su Turci postepeno osvajati i hrvatsku teritoriju oko rijeke Une. Prvi jači napad Turaka na područje oko današnje Bosanske Krupe bio je izveden 1509.godine, kada je pod krupsku tvrđavu stiglo oko 2000 turskih vojnika, ali ja taj napad odbijen kao i oni 1522. i 1523. godine.

Prodiruću dublje u Hrvatsku, turska vojska je 1530. godine dospjela pod Bužim i poharala mu okolinu, da bi 1553.godine harali i po okolini Otoke. Vraćajući se sa velikom vojskom sa pohoda na Kladušu turski vojskovođa Husein Beg Malkoč 1558.godine sasvim je popalio Otoku i njenu okolinu. Godine 1565. Hrvati su u potpunosti izgubili vlast nad Otokom.

Dva puta su kraljevske i banske čete nakon toga poharale Otoku i to godine 1685. pod komandom generala Grofa Herberstein i 1688.godine pod komandom bana hrvatskog Nikole Erdeda.

Još u vrijeme prvih naleta turske vojske starosjedilačko-katoličko stanovništvo počelo je napuštati ove krajeve i iseljavati se dublje u Hrvatsku. Napoznato je koliko je starosjedilaca Hrvata ostalo u svom kraju, pretpostavlja se da ih je veoma mali broj ostao i islamizirao se (prema nekim nepouzdanim narodnim predanjima, pretpostavlja se da su to u Otoci preci Bratića i Nuhanovića, koji su po dolasku Turaka prešli sa katoličanstva na islam).

Prvi muslimanski doseljenici u ove krajeve bili su uglavnom pripadnici turske vojske i činovnici.Među prvim doseljenicima pomnju se: Bešići, Mustedanagići, Alukići, Fajići, Redžići, Suljići, Jusići, Pašići, Osmanlići, Islamovići, Omerćehajići, Handanovići, Fetići, Suljkanovići, Šahinovići i Bajrići.

Po osvajanju ovog područja Turci u Otoci uspostavljaju manju vojnu posadu kojom je komandovao dizdar (čin u turskoj vojsci). Poslije pada pod Turke otočko područje skupa sa Krupom i okolinom potpada pod Kamengradski kadiluk. U to vrijeme Turci su Otoku zvali Ada Kebir, što u prijevodu znači Velika Ada.

Period Austro-Ugarske vladavine

U periodu 16. i 17. stoljeća. ovo područje je poprište stalnih sukoba i ratova između Turskog i Austrijskog carstva. U tom periodu mnogo muslimanskih izbjeglica doseljava sa područja Like u ove krajeve, te se pored drugih mjesta naseljavaju i u Otoku. U tom periodu prema nekim dokumentima doselili su u Otoku Komići, Mehići i Vranići. Komići su u Otoku doselili iz okoline Udbine najvjerojatnije sredinom 17. stoljeća. Doselivši u Otoku neki Komići su promijenili prezime i prozvani su : Mujagići, Halilovići, Sumbiljevići i Varmezovići.

U 18.stoljeću dolazi do povećanja broja stanovnika na otočkom području, tako da se populacija širi u pravcu Ljusine i Ivanjske.U peridu od 1971. do 1878. godine u Otoku doseljavaju Kadići iz Krupe, Čauševići iz Arapuše i Jakupovići sa brda Radoč kod Bužima. U tom razdoblju dolazi i do doseljavanja manjeg broja pravoslavnog stanovništva na šire područje Otoke.

Iako je sve više gubila raniji značaj i ulogu tvrđava u Otoci još je u prvim decenijama 19.stoljeća imala svoju posadu i topove. Prema službenom turskom popisu iz 1833.godine u Otoci su pored posade bila i dva topa. U to doba tvrđava u Otoci je već bila znatno zapuštena i oštećena, pa je 1838.godine potpuno napuštena i prepuštena zubu vremena.

Prema jednom turskom izvještaju iz 1834. godine oko same otočke tvrđave živjelo je preko 300 stanovnika. U to vrijeme na rijeci Uni u Otoci nije bilo mosta, nego se preko rijeke prelazilo skelom.

Zbog potrebe trgovanja izgrađena je 1865.godine prva cesta koja je zamijenila staru tursku putinu, a koja je prolazila kroz Otoku iz pravca Novog u pravcu Krupe. Tada je u Otoci izgrađen i drveni most za prelazak preko rijeke Une.

Nakon 1878. godine i okupacije ovih prostora od strane Austro-Ugarske monarhije znatan broj muslimanskog stanovnštva napušta ove krajeve i iseljava se u Tursku.

Po prvom službenom popisu koji je provela Austro-Ugarska vlast u Otoci je 1897.godine živjelo 1562 stanovnika te su svi bili muslimanske vjeroispovjesti.

Po pisanjima Radoslava Lopašića (što se slaže sa popisom stanovništva iz l885. godine), Otoka je tad imala 280 kuća sa 1793 stanovnika, od toga 1991 muslimana, 89 pravoslavaca i 13 katolika. Tad je u mjestu bilo pet hodža, dva općinska činovnika, jedan spahija 452 slobodna gospodara zemlje i 24 kmeta.

U periodu Austro-Ugarske vladavine Otoka je bila jedna od općina u sastavu Krupskog sreza. Otočkoj općini tada su pripadala naselja : Banjani, Baštra, Bušević, Dobro selo, Glavica, Ivanjska, Kršlje, Matavazi, Mrazovac, rakani Džankića, Rakani Krupića i Rujiška.

U periodu 16. i 17. stoljeća. ovo područje je poprište stalnih sukoba i ratova između Turskog i Austrijskog carstva. U tom periodu mnogo muslimanskih izbjeglica doseljava sa područja Like u ove krajeve, te se pored drugih mjesta naseljavaju i u Otoku. U tom periodu prema nekim dokumentima doselili su u Otoku Komići, Mehići i Vranići. Komići su u Otoku doselili iz okoline Udbine najvjerojatnije sredinom 17. stoljeća. Doselivši u Otoku neki Komići su promijenili prezime i prozvani su : Mujagići, Halilovići, Sumbiljevići i Varmezovići.

U 18.stoljeću dolazi do povećanja broja stanovnika na otočkom području, tako da se populacija širi u pravcu Ljusine i Ivanjske.U peridu od 1971. do 1878. godine u Otoku doseljavaju Kadići iz Krupe, Čauševići iz Arapuše i Jakupovići sa brda Radoč kod Bužima. U tom razdoblju dolazi i do doseljavanja manjeg broja pravoslavnog stanovništva na šire područje Otoke.

Iako je sve više gubila raniji značaj i ulogu tvrđava u Otoci još je u prvim decenijama 19.stoljeća imala svoju posadu i topove. Prema službenom turskom popisu iz 1833.godine u Otoci su pored posade bila i dva topa. U to doba tvrđava u Otoci je već bila znatno zapuštena i oštećena, pa je 1838.godine potpuno napuštena i prepuštena zubu vremena.

Prema jednom turskom izvještaju iz 1834. godine oko same otočke tvrđave živjelo je preko 300 stanovnika. U to vrijeme na rijeci Uni u Otoci nije bilo mosta, nego se preko rijeke prelazilo skelom.

Zbog potrebe trgovanja izgrađena je 1865.godine prva cesta koja je zamijenila staru tursku putinu, a koja je prolazila kroz Otoku iz pravca Novog u pravcu Krupe. Tada je u Otoci izgrađen i drveni most za prelazak preko rijeke Une.

Nakon 1878. godine i okupacije ovih prostora od strane Austro-Ugarske monarhije znatan broj muslimanskog stanovnštva napušta ove krajeve i iseljava se u Tursku.

Po prvom službenom popisu koji je provela Austro-Ugarska vlast u Otoci je 1897.godine živjelo 1562 stanovnika te su svi bili muslimanske vjeroispovjesti.

Po pisanjima Radoslava Lopašića (što se slaže sa popisom stanovništva iz l885. godine), Otoka je tad imala 280 kuća sa 1793 stanovnika, od toga 1991 muslimana, 89 pravoslavaca i 13 katolika. Tad je u mjestu bilo pet hodža, dva općinska činovnika, jedan spahija 452 slobodna gospodara zemlje i 24 kmeta.

U periodu Austro-Ugarske vladavine Otoka je bila jedna od općina u sastavu Krupskog sreza. Otočkoj općini tada su pripadala naselja : Banjani, Baštra, Bušević, Dobro selo, Glavica, Ivanjska, Kršlje, Matavazi, Mrazovac, rakani Džankića, Rakani Krupića i Rujiška.

Prvi i drugi svjetski rat

U toku Prvog svjetskog rata Austro-Ugarska je izgradila željezničku prugu, koja je u Otoku dolazila iz pravca Novog te produžavala u pravcu Krupe. Nakon pada Austro-Ugarske Otoka ostaje u sastavu Krupskog sreza.

Gotovo cijeli drugi svjetski rat u Otoci su stacionirane jake Ustaške i Njemačke snage, Otoka je prvi put potpala pod kontrolu partizana 6. novembra 1942.godine pod čijom je kontrolom bila do Januara 1943.godine. Konačno je oslobođena 25. aprila l945.godine.

Novija historija

Od 1955. godine Krupski srez biva podijeljen na četiri općine Bosansku Krupu, Otoku, Bužim i Jasenicu.U to doba otočka općina imala je teritoriju od 190 kvadratnih kilometara i brojala je 9599 stanovnika, a njoj su pripadala sela: Banjani, Baštra, Srednji Bušević, Glavica, Ivanjska, Jezerski, Ljusina, Mahmić Selo i Otoka.

1958. godine otočka općina je pripojena općini Bosanska Krupa.